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　　清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

　　香港国际警察杨丽清（杨丽清 饰）前往美国与当地的缉毒组组长东尼（甄子丹 饰）一起调查西雅图的一起贩毒案，当他们追查到当地的一名华人嫌疑人六仔（袁日初 饰），早已收到消息六仔潜回了香港，于是，杨丽清和东尼一起回到了香港。在追捕过程中，他们发现六仔不断受到追击，几次险些丧命。东尼开始觉得六仔绝对不仅仅是牵涉到这起贩毒案这么简单。当东尼和杨丽清一直追查下去时，发现整件事竟然关系到美国中央情报六局，而东尼的同僚另一组的组长迈克尔（王敏德 饰）竟然也牵涉在内。事件的真相真正一层层剥开。

　　圣诞节前夕，空气中弥漫着节日的气息，“越州47”航班上，坐满了即将赶回家中同亲人们团聚的乘客，其中，有两个人显得是那样的格格不入，他们是穷凶极恶的罪犯史达斯（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 饰）和韦弗（雷·利奥塔Ray Liotta 饰），两人被四名警察押解着，前往洛杉矶。
　　最坏的情况发生了，史达斯袭击了警察，击毙了机长，一时间，飞机进入了无人驾驶的危险状态。就在这个节骨眼上，机智的空姐泰利（罗伦·荷莉 Lauren Holly 饰）果断出手，飞机重新回到了掌控之中，然而，真正危险的不仅仅是前方即将飞入的雷暴区，还有阴险狡诈，杀人如麻，对泰利垂涎已久的韦弗。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。