故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
一名因兴趣开始当英雄的男子埼玉。 经过三年苦练，他获得了无敌的力量，能一拳击败任何敌人。 偶然收下弟子杰诺斯后，两人一同加入职业英雄组织英雄协会，每日展开活动。某日，自称怪人协会的怪人突然出现，掳走了协会干部的子女作为人质。 英雄协会召集S级英雄，策划潜入怪人协会基地的救援行动。而在英雄与怪人激战正酣时，被掳至怪人基地的人类怪人饿狼，缓缓睁开了双眼！
春日野悠带着双胞胎妹妹穹来到了远离城市的偏僻乡镇——奥木染。他们小时候暑假去过好几次的外公的家就在那里，那里是个令人怀念的地方。因为意外事故失去了双亲，失去了依靠的两人，决定搬到现在无人居住的祖父家，在那里生活。
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从小时候开始，就感觉街道和人没什么变化。怀念的回忆和宁静的环境治愈着悠，但慢慢地，变化来临了。刻骨铭心的回忆随着时间开始转动了。对于伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事就此开始 [3]。
