伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩,有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約,成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下,開始被迫幫忙回收階級卡片……
故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。