科学家们发现,宇宙中的两颗彗星正在急速向地球逼近,不出意外的话,它们终将撞上地球,给地球带来无法估量的损失。为了避免造成世界级的恐慌,政府封锁了这一消息,偷偷在格陵兰岛建造了非常坚固的堡垒,只有躲进堡垒的人们才能够获得一线生机,而进入堡垒的条件非常的苛刻。杰夫(杰拉德·巴特勒 Gerard Butler 饰)是一名建筑工程师,他得到了进入堡垒的机会,于是决定带着妻子艾莉森(莫瑞娜·巴卡琳 Morena Baccarin 饰)和儿子内森(罗杰·戴尔·弗洛伊德 Roger Dale Floyd 饰)一起前往格陵兰岛。哪知道旅途进行到一半,察觉到了事件真相的军方开始了暴乱行动。
上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
影片改编自2022年的同名独立恐怖游戏。背景设定在名为“The Quiet Rapture”的末日之后,一名囚犯被迫深入血红色的海洋,驾驶一艘锈迹斑斑的微型潜艇搜寻残存的自然资源。