先天二年夏秋之交，天子虽已登基，但大长公主势力更盛，长安局势阴晴难定。卢凌风（杨旭文饰）和苏无名（杨志刚饰），奉命带着由裴喜君、费鸡师、樱桃和薛环组成的探案小队，以护送康国所献金桃的名义重返长安。繁华的长安，卢凌风复职雍州司法参军，苏无名则被授予一个特殊的官职，同时叫费鸡师出任酥山店掌柜，并将店铺设置成全长安的暗探情报中心。卢苏二人推出新政，开启环城探案模式，深入长安各坊，接触到了更广泛的百姓和民生，也借此避开了天子与大长公主的争斗。在历经康国的金桃、成佛寺的哭声、白泽的踪迹、食尾蛇、解忧店等多宗疑案后，最终长安的风云汇聚到事关朝堂的盛世马球案。卢凌风和苏无名，不得不直面这个刀光剑影的秋天以及各自的命运，并为此付出了沉重的代价。即使历经风雨，但他们终究在万年长安大观盛唐，护佑百姓的初心始终没有改变。
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长乐县捕快乐天（姜大卫）为人嫉恶如仇，以勇悍见称，一次机缘下救了初生之犊尚进（曾伟权）并建立师徒情谊，奈何进开罪的是权倾全县的总捕头何天成（罗乐林），因而屡遭成迫害，进于穷途末路终杀成。进为隐罪，与早种情根的杂耍少女花（蔡少芬）合谋隐瞒。此后，进青云得意，仕途如日中天，但天意弄人，进杀成之事竟另有目击者，进不甘成就毁于一旦，终干下无数血腥命案而不能自拔。 进为求显达官场，对花始乱终弃，迎娶两广总督千金芝（樊亦敏）并害花身陷囹圄。又杀亲姊（陈秀雯）。天对进发指行为义愤填胸，誓要将进绳之于法。但进狡猾险诈，权倾两广，更善于在法典缝隙中寻得脱身之法，天又能否伸张正义，手刃进呢？
李恒基（任达华），自小丧父，生长于渔村，与少女采云（周秀兰）青梅竹马。偶然机会，结识富家子郭英年（林嘉华），彼此一见如故。在年的影响下，基决定离开故乡，到都市闯一番事业。入城之前，他与云成婚，以便母亲有云照料。基闯天下，就从经营的士业务开始。得年相助，生意蒸蒸日上，不久便成小富，即接家人到市区同住。惜好景不常，基与年合资地产生意失败，两人联袂到澳门散心，不期邂逅淑女章思薇（刘雪华），薇明艳照人，两人不觉倾心。而薇亦为基之俊逸潇洒风度所吸引。可怜年不知薇已对基芳心暗许，还在一厢情愿地暗恋着她。薇虽可人，但基用情专一，明知家有妻室，未敢再言爱意，唯有用理智压抑感情，以防卷入爱情的漩涡。六七年香港暴动，时局纷乱，二人看准时机，合作投资地产买卖，以低价购入楼房地产。暴动结束，楼价暴涨，他们乘时高价出售物业，短短几年间便跻身巨富行列。另一方面，薇与基共事多年，常籍故亲近，表露爱意。基终抵不住爱的诱惑，冲破理智的束缚，让自己爱上薇。年却因此心怀不满，与叔父合作暗中排斥基。基与薇相恋，内心却是矛盾重重，他终不忍抛弃发妻，毅然与薇分手。年见有机可乘，再度向薇展开追求，凭着一片诚意，终于赢得美人归。可是婚后不久，年疑薇与基藕断丝连，薇大为愤怒，提出离婚，适股市大泻，年损失惨重，乃只身离港，逃避一切。年走后，薇与基旧情复炽，云亦明丈夫所爱并非自己，欲成全二人。不料忽传年死讯，薇自疚不已，提出与基分手。基闻讯怅然。
《妙探双姝 Rizzoli & Isles》此前虽未续订，但作为TNT中收视名列前茅的剧集，不续订是不可能的；TNT续订了18集的第六季，在2015年的夏季播出，这集数肯定也是分上下季的形式播出了。
