棋拳是新兴运动，运动员需同时比拼拳击与国际象棋，是揉合智力与武力的运动。影片则以反贪处长和黑帮老大的一盘中国象棋，处长以棋术压倒心术不正的对手，还破了对方贿赂海关、利用拳馆打棋拳、走私烟洗黑钱的大案。
故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
