《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン(Hobby JAPAN)出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ(すずきあきら)【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本,此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结,但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗,学生会执行部称其为“丰臣狩猎”,并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力,但他却对执行部的镇压行动抱有疑问,为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上,宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后,突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者,从此之后,就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
在很久以前,某座山中蛇精和蝎子精为害人间,它们的恶行引起天神震怒。天神用雷电化成的葫芦把两个妖精收了进去。葫芦化作葫芦山镇守两只妖精,只要满一万年,它们就会被葫芦化去。然而天运使然,就在九千九百九十九年之际,一只穿山甲无意钻破葫芦山,放出两只妖精。穿山甲带着老爷爷找到葫芦种子,只要种出七颗葫芦,便可将妖精重新收伏。 重新获得自由的蛇精和蝎子精无所顾忌,大肆残害生命。它们偶然得知老爷爷种出神葫芦,于是接连派出爪牙企图斩草除根。接连遭遇挫折的妖精转而绑架老爷爷,各具异能葫芦七兄弟相继出世,他们打向葫芦山,与狡猾的妖精展开正邪大战……