上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
一名侦探小说作家（Robert Downey Jr. 饰）躺在医院病榻上构思新作情节：一名愤世嫉俗的私家侦探一到夜晚摇身一变成为乐团主唱歌手，故事主人翁被卷入1950年代洛杉矶一宗妓女凶杀案……随着病情加剧，他渐渐无法分辨故事与现实，精神状态陷入疯狂边缘……
《恐怖的二楼》少年畑野龙（铃木福 饰）似乎天生具有灵视的能力，他和外婆、妈妈（YOU 饰）搬到新家，结果发现他们不是这里的唯一住户。小龙看见了女鬼，可是妈妈却不相信；《X医院》信心受挫的实习医生佐佐木直树（藤谷太辅 饰）倍感压力，在此期间，各种诡异事件也交替在他身边出现，令他疲于奔命；《影子的暗示》厌倦了枯燥的工作，远山美和（深田恭子 饰）计划转职旅游公司，期间她时常会看见神秘黑影，而黑影所至之处必然发生灾难；《女子高中大危机》在女子高中任教的泽木洋介（坂口宪二 饰），其班上名叫亚里沙的女孩似乎制作了一个地下网站，他没有料到，恐怖的危机正慢慢降临这所高中；《蠕动的人偶》园田里菜（指原莉乃 饰）在街上相中了一个士兵人偶，于是不假思索将其买了下来，谁知这个仿佛有生命的玩偶正渐渐影响她的生活。
史蒂夫•拉塞尔（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）是个付费收养来的孩子，他为了查出自己的亲生父母，做了一名警察，然而当他来到母亲的家门前，得到的却是闭门羹……幸好史蒂夫还有一个幸福的家庭，他与妻子育有一女，这对虔诚的夫妻每日祷告……然而这些都只是表象，事实上，史蒂夫是一名同性恋，他用无尽的谎言欺骗了所有人，终于一次车祸后，史蒂夫顿悟以前的生活一文不值，他公开了自己的性取向并远赴佛罗里达寻找幸福，常年欺瞒的日子造就了史蒂夫非凡的诈骗能力，不久东窗事发，史蒂夫入狱，却在狱中遇上了此生挚爱莫里斯（伊万•迈克格雷格 Ewan McGregor 饰 ），史蒂夫向莫里斯献出了自己全部的激情和勇气，这对儿从监狱中走出的恋人，留下了一段传奇故事。 本片根据史蒂夫•迈克维克所写就的真实故事改编。
阿哈博（格利高里·派克 Gregory Peck 饰）是裴庞德号的船长，在一次航行中，阿哈博遇见了白鲸莫比迪克，莫比迪克袭击了阿哈博，咬断了他的一条腿，从此往后，阿哈博和莫比迪克成为了一生之敌。 伤势痊愈后，阿哈博便开始了他的复仇计划，整天驾驶着裴庞德号在茫茫大海中寻找莫比迪克的踪迹。仇恨的火焰烧灼着阿哈博的脑神经，让他的神智逐渐混乱。终于有一天，阿哈博发现了莫比迪克的踪迹，在长达三天的追踪之后，阿哈博终于刺中了莫比迪克，令其身受重伤，然而，莫比迪克并没有就此认输，而是负死顽抗，争斗之中，莫比迪克咬碎了小船，借用绳索套住了阿哈博，欲与他同归于尽。
